香港男人在深圳建立家庭，在香港工作，每天“冲关”，奔走中港两地，面对工作及生活，这是每一个香港人及内地同胞所热衷话题，【爸爸两边走】选择了这题材为主轴，剧情以温情伦理为主导，故事以写实手法描述香港及内地人对婚姻及感情的看法，回归之后香港及中国之间生活变迁为重点，以亲情及爱情为原素。并以崭新手法，以国内全实景拍摄作包装，给予观众清新写实的感觉。演员阵容鼎盛，包括：林韦辰、万绮雯、张文慈、袁文杰、江美仪、吴廷烨、楼南光、吕有慧、谢雪心、杜挺豪等，全情投演，反影社会实况。
　　任职男护事的曾耀乾，带着儿子曾诚到机场妻子接机，无意中发现了妻子方泗曼原来与上司杨永祥有奸情，耀乾曾经想挽救这段婚姻危机，无奈妻子将婚姻及事业挂了勾…结婚七年，妻子由一个护士晋升至行政经理，而耀乾还停留在男看护阶段，夫妻的距离由近而远，渐渐同床异梦。耀乾知道无法挽救这段婚姻，欲与妻子离婚，妻子感觉对家庭仍有责任，不肯离异，耀乾为了让妻子死心，带着儿子离去，回到深圳暂住。
　　耀乾一边在香港工作，一边要回到深圳照顾儿子，开始了爸爸两边走的生活，耀乾每天“冲关”时发觉，原来有很多香港人也是跟他一般的遭遇，每日奔走中港两地，面对工作及生活。当耀乾渐渐适应了中港两边走的生活后，开始在国内认识了不少朋友，其中一个是弱视的钢琴教师常萍，常萍虽然弱视，但人却坚强，对生命充满寄望，不但不需要人照顾，还能反过来照顾耀乾及曾诚…日久生情，耀乾与常萍渐成爱侣。
　　常萍有一个愿望，希望能参加全国音乐比赛，可惜身体残疾使她不能如愿，耀乾想尽法子帮助常萍治好了她的眼疾，使常萍可以如愿，在数万人面前表演钢琴，常萍喜极而泣…而耀乾也在帮助常萍的过程里，在失败婚姻阴影中爬起来，重新做人。当耀乾及常萍感情成熟，准备结婚之时，却遇到最大的考验…泗曼与永祥的感情告终，想吃回头草，就算不能得回耀乾的爱，也要得回儿子曾诚…最后耀乾面对情义的抉择，作出了一个肯定的抉择…继续爸爸两边走的生活。

　　宇文峰（郑少秋 饰）出身武当，勤学苦练，身手了得，学成下山后，宇文峰受到了当时最大的兵器工厂唐门的赏识，门主更是将女儿唐碧（汪明荃 饰）许配他。哪知道唐门突遭不幸，被诬陷勾结外族，落得满门抄斩的下场，而宇文峰则被打入大牢，即将问斩。太监张诚（陈鸿烈 饰）欣赏宇文峰的身手为人，以替他卖命作为条件，救下了宇文峰。
　　那边厢，唐碧死里逃生，之后成为了京城第一大镖局的女当家，丈夫死后，唐碧接管了镖局，并且最终凭借她的智慧和能力获得了周围人的认可。宇文峰加入了锦衣卫，受张诚胁迫，干尽了伤天害理之事，一次偶然中，宇文峰和唐碧重逢了，一段旷世情缘再度拉开帷幕。

　　河口悬本是个民风淳朴，山明水秀的好地方，可是上任不足一年的知县─厉之珏，办案手法胡涂，凡事包庇当地首富欧阳贵，为百姓所齿冷、不得民心，更被视为十年难得一见的「狗官」，背后更被谑称为「九公子」。其实厉之珏本性并不太坏，亦颇有聪明，考得功名后随父亲加入捕快行列，更因一次机缘巧合，救了当地富商欧阳贵，因而被欧阳贵看上，以金钱及手段为其打通关节，让厉之珏成为当地知县，作为自己在官场中的棋子。厉之珏当上县官后，亦曾有过抱负，冀望有所建树，令一众百姓安居乐业，可惜小舅父尤沾旺错手杀人，把柄为欧阳贵掌握，厉之珏只得无奈接受欧阳贵的操控，无论在办理案件，甚或在施行政策上皆以欧阳贵利益为依归，久而久之，办案和做人处世也变得得过且过，毫无原则。厉之珏有一未婚妻钟环，她一直对厉之珏千依百顺，然而在厉之珏当上县官之后，她对厉之珏的态度亦随之大变，从前温柔体贴的性格，演变成为每事关心，事事干涉，微如日常生活，广若厉之珏公务之事，她皆渗透自己的意见，若厉之珏有所不从，便施以颜色，令厉之珏不胜其烦，二人关系亦因而跌进入了无形鸿沟之内，渐感压力。一日，青春少艾的宝琳寻至，并扬言要下嫁厉之珏，令厉之珏啼笑皆非。原来宝琳自小由峨嵋派掌门寂寞师太收养，并授以武功。宝琳十岁时偷偷下山遇险，幸得年少的厉之珏所救，许诺将来以身相许，厉之珏以为宝琳年少戏言，答应了宝琳。但光阴似箭，宝琳现已长得亭亭玉立。宝琳坚决要覆行承诺，下嫁予厉之珏，师太遂给予宝琳半年时间，若半年后仍未与厉之珏成亲，就得回峨嵋出掌掌门之位。
　　宝琳下山找得厉之珏，赫然发现厉之珏跟当日英伟不凡、正义凛然的梦中情人已成两样，宝琳失望之余，却认定厉之珏只是一时迷失，自己要尽力令他回复当年勇。一次，蒲光对宝琳惊为天人，深觉厉之珏配不上宝琳，蒲光立定决心，要搜集厉之珏的贪污证据，把厉之珏的罪行公诸天下、绳之于法，同时夺得美人归。原籍河口县的蒲光自武当学成下山，当年与厉之珏先后上武当拜师学艺，但厉之珏不出半年便给逐出师门。蒲光今番回来，便是要投身公门，拨乱反正，取缔歪风。
　　欧阳贵之子欧阳兴垂涎官门之后阮溪纱，但溪纱早已与书生程石川情投意合，故对欧阳兴的追求不屑一顾，欧阳兴追求不遂底下，恼羞成怒竟设计诬程石川，厉之珏深知这是插赃嫁祸，但在欧阳贵的压力下，无奈判处程石川秋后处决。事后厉之珏深受良心责备，亦觉不能再做一个生活在夹缝里的人，为挽回自己的过错，深夜穿起夜行衣往迎救程石川，厉之珏为求掩饰身份，只得随手取过一幅绣有梅花的刺绣幪面。事后厉之珏又怕被人发现，竟塑造了一个专门劫富济贫，行侠仗义的「怪侠一枝梅」出来混淆视听。
　　「怪侠一枝梅」多番义举广受百姓赞颂，甚或身边的女人，钟环及宝琳亦纷纷成为「一枝梅」的支持者，厉之珏亦开始感到有点儿飘飘然；但当回复县官身份时候，却要面对高官商贾对「怪侠一枝梅」的投诉，令自己对「怪侠一枝梅」这个身份又爱又恨，然而透过「一支梅」的仗义行为亦同时唤醒了藏在厉之珏心底那份正义和良知，亦重新获得尊重及民望，渐渐厉之珏亦爱上了「一支梅」这个隐闭身份。
　　京城东厂主管方公公亲临河口县，此行虽以公务为名，但真实任务是为当朝皇弟查探其私生子的下落。可是查探期间，京中突然传来皇上驾崩的消息，方公公为保自己在京中的势力，连夜赶返京城。太子登基，成为皇上，便遗派方公公再次重临旧地，务要找到皇子。方公公要找的人竟是一直在河口县当小混混的江小鱼，可是阴差阳错下相认的信物竟意外地落到尤沾旺身上，适逢尤占旺本身亦是孤儿，自小被厉家收养，小鱼亦因与尤沾旺种下情根，遂来个顺水推舟，以为只要尤沾旺做了太子，便可带自己入宫与父皇相见。正当众人以为事件平息之时，岂料方公公态度急转，原来方公公受了太后密令，要将尤沾旺杀死，免绝后患。小鱼的爱郎行径却变成了祸及无辜。骆富更藉着和方公公勾结，再次要置厉之珏及蒲光等人于死地，正邪双方之战一触即发。

　　中国的童养媳，可说是封建制度下极度不人道的传统习俗，穷苦人家的女孩，自少被卖到一个陌生家庭里，被安排下嫁比自己年轻的小男孩，丈夫长大后都会嫌弃老妻，这样的婚姻制度不但没有爱情，亦制造了许多同床异梦的怨偶，令许多女人展开悲剧的命运。金玉生于小康之家，父母经营小饭店，生活营役但却无忧，对玉更疼爱有加，玉自少在铺内帮手，耳濡目染，对煮菜特别有天份，一对巧手，常造出许多美味佳肴。可惜一次意外，金玉父母双双离世，金玉顿成孤儿，无良的舅父不但吞并财产，更将玉卖到青楼做琵琶仔，幸而好心的酱油?老板陆贵，及时将苦命的金玉救出，从此金玉便将陆贵当成自己的恩人。
　　金玉随陆贵回到陆家当小丫环，时陆贵的妻子刚离世，独子陆万斗日夜哭个不停，陆家上下无计可施，聪明伶俐的金玉，自制精美小点，居然令小阿斗破涕为笑，迷信的老太太听信法师指点，决意将金玉收到童养媳，十二岁的金玉和四岁的小阿斗拜堂成亲，两人根本不知爱情为何物，便已结成夫妇，从此金玉便像姐姐一样照顾阿斗的起居饮食。
　　金玉的理想是等阿斗长大成人后，为他娶妾生子，替陆家传宗接代，然后功成身退，开间小饭店，煮些巧手小菜，自由自在过日子。可是玉的理想很快就破灭，日夜奔波的陆老爷，终于积劳成疾，撒手尘寰，临终时还将管教阿斗的重任交托给玉，玉为了要完成陆老爷的遗愿，为阿斗寻找好老师。
　　守成是个满腔热诚的麻辣教师，他的教育理想是要中国没有文盲，为了实践理想，不惜去执牛屎干粗活，替学生买笔墨付学费，还用各式活动教学法，令学生心领神会。可惜现实生活，没钱令他举步为艰，更遑论甚么教育理想。所以，对只会用钱欺凌别人的纨子弟陆万斗，守成最鄙视和看不过眼，当然不会答应金玉的要求；就在此时，守成发现青梅竹马的好友余古，生活潦倒欠下巨债，要被卖去金山做猪仔，为了救好友，只有为五斗米折腰，无奈卖身到陆家任教。
　　来到陆家的守成，目睹陆家富户大宅的封建腐败，阿斗的挥霍任性，老太的迷信霸道，为了传宗接代，强逼金玉圆房，要丫环冬梅做妾侍借肚生子，守成觉得很荒谬，怂恿她们争取自己命运，却遭陆老太诸多刁难侮辱，令守成觉得这个社会很不公平，贫者愈贫，富贵人家就可以只手遮天，守成的性格因此变得愈来愈愤世嫉俗。
　　守成在陆家看到作金玉作为童养媳的辛劳，见她衣不解带、尽心尽力照顾阿斗，对玉又同情又佩服，被玉的精神感动，开始认真地和玉一起地想办法驯服阿斗，又教导玉念书写字，与玉开始惺惺相惜，互相欣赏，甚至对玉产生莫名的好感。
　　与此同时，成从母亲口中，得悉一个天大秘密，原来死去的陆老爷陆贵，竟是害到他们家破人亡的杀父仇人！长期贫困生活中，守成已愈来愈愤世嫉俗，在余古的挑拨唆摆下，他决定向陆家报仇，将自己应得的财产和酱油厂重夺回来，只要有钱，就可以实践理想，设义学帮助穷困孩子…
　　守成取得陆家上下的信任，再利用这关系，顺利地从阿斗手中，夺回所有财产，并将阿斗和他一家赶出大宅。同时，守成发现原来小丫环冬梅，竟是自己失散多年的亲妹妹麦守珠，骨肉重逢，而守珠一夜之间，由一个小丫环变成千金小姐。
　　另一方面，金玉带着阿斗和一家妇孺离开陆家，为了养活陆家上下，金玉拿出自己仅有的钱来租了一间铺，靠自己的巧手煮出大良美食，总算能令一家糊口，可惜落难的老太仍然挑剔，大小姐二小姐娘仍然难服侍，阿斗仍然顽皮，令玉不胜其烦，金玉一改当初逆来受的懦弱性格，以强硬态度对待，众人开始反省。
　　落难的阿斗觉得自己很没用，因为当初不学无术，明知金玉辛苦，想帮忙却往往愈帮愈忙，阿斗对自己失去信心，变得更颓废，幸有守珠不计前嫌，仍然陪在斗身边，阿斗为报答守珠，知道她暗恋好友花泽瑞，于是帮忙守珠追求瑞，两小无猜不知不觉地建立了纯真的感情。
　　可是这时，陆家二小姐陆钱，对守成亦暗生倾慕，钱对守成向来没有好感，觉得他出身低微，但自守成搬进陆家，钱与他日夕相处，发觉守成都是个信实可靠男子，加上自己出嫁无望，只有将要求降低，将目标放在守成身上。可是钱意外发现守成和金玉的特殊感情，并偷偷地向阿斗告密，说金玉另有情人，斗追查下竟发现金玉所爱的人，竟是自己一直以来最信任的老师麦守成！
　　可是金玉发现当自己努力争取自由的时候，守成竟然退缩，背弃了自己；原来所谓天长地久、至死不渝的爱情，不过是一瞬那的火花！一片痴心换来只是伤害，金玉对守成彻底的失望…。
　　如果人真可以创造自己的命运，那一切就留待金玉自己决定吧！

　　每一个生命的结束也有背后的原因。无论怎样隐藏、怎样毁灭证据，真相永远存在，甚至由死去的揭发。可幸警队中有一个部门，为着看不到的真相而努力，他们用尽所有方法，甚至与死亡近距离接触，让罪有应得的人得到报应。这里就是——鉴证科。
　　鉴证科探员高达(黄日华饰)利用尸体身上遗下的蛛丝马迹，利用现今各种高科技，为死去的人伸冤，屡破奇案。但，高达却是个怪人，他本为重案组干探，因好赌成性欠下巨债，被迫接受警队内部调查，调职往鉴证科充当文职工作。自六岁那年亲眼目睹死亡开始，他与不可解释之事总是扯上关系。
　　调职关系，高达来到新环头。怎料重案组的上司正是来自被外界称为神怪之地的‘古董仓’，于仓中‘过冷河’的前卧底警员关蜀勋。同时，高达需要接受心理医生的治疗，达的医生，正是刚当上警队心理医生的李嘉雯(李姗姗饰)。达不知眼前人正是当年被牵入‘古董仓’鬼怪事件的医生。
　　三个天生与疑幻疑真有着奇妙联系的人走在一起，环头警署自始发生一宗又一宗的灵异案件……

　　唐小顺（张卫健 饰）虽然患有精神恍惚症，但却是一名武林高手，自幼跟姐姐大顺（吴君如 饰）学习谭腿，已到了炉火纯青的境界。唐小顺做梦也没想到，他的武功有一天竟然派上了大用场。这天，前著名足球运动员林中虎（黄秋生 饰）无意中看到了小顺和姐姐在较量，谭腿里的一招一式竟然让他联想到了踢球的动作，于是一个前所未有的想法诞生了，中虎决定遍寻民间高手，组成一支功夫足球队，这样定能将中国足球发扬光大。
　　于是，中虎开始游说大顺让小顺加入他的足球队，一起发扬中国足球。经过一番死缠烂打，中虎终于成功说服大顺。中虎再接再厉，继续四出找寻埋没人间的武林高手，经过一番努力，终于组建起一支功夫足球队。然而，各种困难与打击也接踵而来。