四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中,在师父(成龙 配音)的训练下,他们成为了功夫高超的“忍者神龟”,渴望被人类接纳的四小只,在人类朋友艾普的帮助下,开始追踪一个神秘的犯罪集团,但随着一支强大变种生物军队的降临,同样属于变种生物的忍者神龟们知道,这下大麻烦来了……
在一片未知大陆上,有一座名为9号卫星城的城市,城中螺丝厂的螺丝扶正工芮梨在日复一日的枯燥工作中,逐步察觉到了这座城市的不真实。在神秘角色“Anull”的帮助下,芮梨获得了“换装”的超能力,并化身怪盗“天狼星”,为逃离这里秘密行动着。当世界的真相终于展现在自己眼前时,芮梨才发现,她真正的战斗才刚刚开始……