2012年2月,东京铁塔上空出现了巨大的数码蛋。就在本宫大辅(20岁)和V仔兽修行拉面技艺的时候,遇到了虽然拿着有裂纹的数码器,但身边没有搭档数码兽的迷之青年——自称“我没有数码兽,我的搭档数码兽被我杀了,我是世界上最初和数码兽建立搭档关系的人类。”
贞元年间,因掌管人、妖两界的白泽神女意外身亡,白泽令不知所踪,妖兽在人间肆意流窜,作恶多端,且发生越来越多血腥凶案。此时已化为人形的百妖之首“朱厌化名赵远舟,主动“投诚”,提出协助朝廷组建缉妖司,缉妖平乱。文潇带着对赵远舟的防备与怀疑加入缉妖司,与青梅竹马的缉妖司领事、精通探案和剑术的卓翼宸;曾是崇武营猎妖人的高冷弓箭手裴思婧;精通医术善良且怂的神童大夫白玖一道,组成了缉妖司捉妖小队,《山海经》 中所记载的妖兽一 一出现在众人面前。在破案过程中,众人逐渐发现妖兽作恶背后的残酷真相。一边是天下大任,一边是爱人归于尘土,缉妖小分队坚不可摧的情谊、大荒顶级妖兽与神女的爱情是否能打破这种两难抉择?